Viimeisin The Legend of Zelda -seikkailu alkaa pieneltä saarelta, missä nuori Link elää rauhallista ja huoletonta elämää. Eräänä päivänä Link näkee taivaalla lentävän valtavan, saaren asukkaita uhkaavan linnun, joka nappaa kynsiinsä Linkin pikkusiskon ja lentää karkuun. Link lähtee luonnollisesti linnun perään. Tästä alkaa eeppinen seikkailu, missä Link pääsee ensimmäistä kertaa purjehtimaan omalla lohikäärmeveneellään etsiessään vastauksia hänen siskonsa salaperäiseen katoamiseen.
Luvassa on muun muassa entistä laajempia ja vaarallisempia luolia, aiemmista The Legend of Zelda -peleistä tuttua musiikkia (mikä on varmasti kaikkien Zelda-fanien mieleen), uusia vihollisia ja uusia esineitä ja aseita. Kaiken tämän lisäksi The Wind Waker hyödyntää Game Boy Advancea, jossa Tingle-keiju (tuttu mm. N64:n The Legend of Zelda: Majora’s Maskista) auttaa Linkiä selviytymään luolien läpi ja pääsemään sellaisiin paikkoihin mihin Link ei muuten yltäisi.